Permite determinar la localización de moléculas de interés en cortes de tejidos de seres vivos, acoplados a fluoroforos, así como también la localización celular de proteínas unidas a moléculas reporteras, como son las proteínas fluorescentes tanto in vivo, in vitro y en muestras fijadas. Permite la aplicación de técnicas como FRET, FRAP, FCS. RICs, Fotoactivación y Time Lapse.

Estas técnicas permiten obtener imágenes visibles de objetos pequeños. Si las muestras presentan autofluorescencia o se le agrega algún tipo de fluoróforo, se evidencian algunas estructuras o bien se conoce su distribución.